你这种情况比较麻烦，不但房屋整体面积在一个房产证上记载，而且房产证也在对方手里，这是最不利于你们的。因为房产属于谁就看房产证上登记的人，况且对方还是持证人。
你们的房子如果是祖产，那么应当街道办、居委会有原来的登记，就是办理房产证之前的一些材料，去找找街道办或者居委会的人看能否找到证明房子是你家祖产的证明，再尽量找一些相关的证人证明房子是你家的祖产。
如果和对方谈不拢，只能走法律程序起诉。但起诉的前提仍然是你们必须要有能够证明房子是你们祖产的相关证明。
按实际测量面积计算补偿或者还原。
一般就是协商。
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