你先把AE这个软件给退出了，再进行覆盖操作。
我也遇到过这种情况。结果我试一下删除那个无法覆盖的文件，就好了，也可以正常打开保存。再进去看，发现他自己又生成了一个正确的。
以后也遇到过很多次，提示无法覆盖哪一个就删哪一个，删了就好了。亲测有效。打开后会再次生成正确的文件的
它有提示啊，你去你的C盘，Users,czj8008,AppData,Roaming,Adobe,AfterEffects,13.5,删除13.5设置Indep-composition,txt,文档再关闭AE再打开这个工程就能够解决了，如果不行就是要重装吗，因为丢失设置文件了
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