在思想上，《汉书》的正统气更浓，对封建王朝的维护与《史记》比较，显得就更突出。《汉书》对统治集团的残酷、腐朽、荒淫亦有揭露批判，但远不如《史记》广泛深刻。他没有象《史记》那样热情歌颂农民起义中的英雄人物，没有赞美游侠、刺客、商人等下层人物的品质和才干。认为司马迁所歌颂的朱家、郭解等是“以匹夫之细，窃生杀之权，其罪已不容诛矣”；批评司马迁“是非颇谬于圣人，论大道，则先黄老而后六经，序游侠，则退处士而进奸雄，述货殖，则崇势利而羞贫贱”，两人观点，截然相反。在这方面，《史记》的思想，是《汉书》、也是历代正史所不及的。
对汉武帝之后盛行的天人感应思想，《史记》的怀疑否定较多。《伯夷列传》、《河渠书》、《封禅书》等篇中都有明显表现。 班固则不然，《汉书》在《五行志》中将自然界的一切变故都与社会人事一一比附，十分可笑。《霍光传》、《张汤传》等讲神异之事、因果报应。总的说，在对天人关系的认识上，班固比司马迁有明显倒退。
《汉书》多是冷静叙述，在不动声色之中，揭示出人物的精神面貌，思想性格。
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