其实这种情况经常发生，具体应当看一下合同的条款。任何经营行为都有风险存在，应当充分考虑各种事情的发生。当然，如果在工程进行的过程中出现了没有预料到的情况，应当和甲方沟通，及时解决问题。如果你觉得不公平，那就只能起诉了。
虽然你的呈辞不够清晰,但从句子中判断得出你要表达的意思:你是想告诉别人,由于施工现场出现了不正常的现象,导致包工头承包的工程发生了亏损,不知道你是想问,双方协商不好不知该怎么办?这个双方是指发包方与包工头之间?还是包工头与农民工之间?其实很多诸如此类的工程结算盈亏都牵涉到无辜的农民工,为了保障农民工的合法权益,可以通过劳动仲裁申诉得到解决!
找劳动局费事。到当地建设主管部门农民工工资清欠办公室，那里办事效率高，如果包工头不发，主管部门会责成总承包单位发，总承包单位不发，主管部门会责成建设单位发，如果建设单位不发，主管部门会从建设单位上交的农民工工资保证金中直接支付给你。而且还会对上述单位进行处罚。
协商不好的话，请相关劳动保障部门出面解决。
由于工地现场非常不正常导致包工头亏了并且协商不好向法院起诉
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