2005年3月18日邕宁县撤县设区,邕宁区正式成立。新成立的邕宁区辖原邕宁县的蒲庙镇（不含莫村）、新江镇、那楼镇、镇龙乡（2005年7月撤消镇龙乡，整体并入那楼镇）、百济乡、中和乡。原邕宁县的四塘镇、五塘镇、昆仑镇划归南宁市兴宁区管辖；刘圩镇、南阳镇、长塘镇、伶俐镇、仙葫开发区、蒲庙镇的莫村村委会划归青秀区管辖；延安镇、苏圩镇、吴圩镇划归江南区管辖；那陈镇、大塘镇、南晓镇、那马镇、良庆镇、大沙田开发区、沿海经济走廊开发区划归新成立的良庆区管辖。
邕宁区成立于2005年3月18日，成立时有六个镇（乡），后那楼镇与镇龙镇合并，目前有五个镇（乡）即蒲庙镇（区政府所在地）、新江镇、那楼镇、中和乡、百济乡
有5个乡镇，蒲庙镇、那楼镇、新江镇、中和乡、百济乡
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