低聚糖包括很多种，食品中重要的低聚糖包括麦芽糖、乳糖、蔗糖、低聚果糖等。香蕉、蜂蜜、大蒜、西红柿、球葱、芦笋、菊芋和麦类中富含低聚果糖，低聚木糖和低聚甲壳糖则是通过化学方法制得的。乳糖在牛奶中含有，酸奶中没有。
大蒜、洋葱、牛蒡、芦笋、豆类、蜂蜜等食物中都有低聚糖的存在。
