轨道交通13号线一期工程共设14座车站，沿线与1、2、3、7、11、12号线共6条线、5座站换乘，其中三线换乘站2座，两线换乘站3座，全部为地下站，分别是华江路站、金沙江西路站、丰庄站、祁连山南站、真北路站、大渡河路站、金沙江路站(与3号线换乘)、隆德路站(与11号线换乘)、武宁路站、长寿路站(与7号线换乘)、江宁路站、汉中路站(与1号线、12号线换乘)、自然博物馆站、南京西路站(与2号线、12号线换乘)。
