房产证已经抵押给银行的二手房买卖，卖方要求三年内才过户。

一切以房产证为前提。。不管是协议还是公正。因现有房屋在抵押，产权债务不清晰，故你现在的买卖协议不成立的。
不需要等三年，现在银行可以提前还款，一个月就解决了。解压完毕可以直接过户。
对方可能无能力一次性还款，可以通过公证处签订还款及过户问题的协议

我在北京做过房产，这是不合理，不安全的。
1、他的本在银行做抵押，因为他贷款了，当你付80%房款时，就可以让他把银行的钱还完，把本子上盖章，取消抵押。
2、这时你们签署的房地产买卖合同，请评估公司评估下，你就可以去银行办贷款，把剩余的房款付清，你拿到房本，这房子就和他没关系了，你自己还着银行的贷款。
3、为什么说三年后过户不安全呢，因为现在的房价一天一个样，举个例子，在北京08年一套房100平卖120万，两年后过户，就是10年，这房子变成280万，均价有1.2万涨至2.8万，如果房主违约赔你们成交价房款的20%，（如果200万）就是赔40万，而到时他的房子可以卖280万，给你240万，自己还赚40万，这是很有诱惑力的，我赔违约金了，我心安理得，我还赚了40万，是你，你会违约吗？所以建议不要拖，他能卖就卖，这和公务员没关系，如果是单位的那种集资房或者福利房，那要5年之后才能买卖，就是5年了，买了也没有保障。

卖方必须先还清贷款，注销抵押，然后办理房屋转让手续，买方才能合法购得此房。