原告申请财产保全是有原告的理由的,并且财产保全原告要提供担保,保全错误造成损失,你公司可以请求原告赔偿,并且原告的财产也一并查封,也有保证。至于原告起诉的案件能否胜诉,那是案件审理中面临的问题,初步看你的问题,我觉得原告有胜诉的可能,关键就是看股权转让协议的效力、履行等问题的认定了,建议你公司予以重视并委托一定水平的律师参加诉讼。
我觉得问题在于您公司何时取得A公司股东地位的问题。查询了下相关法律并未发现明确规定,因此我认为应该看A公司是否将您公司记载于A公司的股东名册当中来判断。如果您公司已经取得股东地位的话,债权债务则需要您公司来承担。
不过B公司以您公司是A公司唯一股东为由要求承担债权债务则是不合理的,因为公司股东承担的是有限责任。如对方冻结您公司财产最后证明是错误的,可以要求B公司赔偿损失。
法院在采取财产保全措施时一般只进行形式审查,财产保全申请人一般得提供担保,如果保全错误或被保全人对申请人的起诉最终不承担责任,那么被保全人可以要求申请人赔偿损失。