开票单位与付款人不一致,但是有证明是一家单位,这样可以吗

不行，必须一致。
这个问题的解决方法可以，走一步现金
收到付款人的钱（A单位）
借：银行存款
贷：其他应付款-A
给B公司开发票
借：其他应付款-A
贷：现金
借：应收账款-B
贷：主营业务收入
借：现金
贷：应收账款-B
要求签订的合同为B公司

写个委托函，由开票单位来写，说明是委托付款方付款，发票对开票单位开具。盖上两家公章即可，当然合同必须与开票单位签定。

根据《营业税暂行条例》第一条规定：“在中华人民共和国境内提供本条例规定的劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，为营业税纳税人，应当依照本条例缴纳营业税。”第五条第三款规定：“纳税人将建筑工程分包给其他单位的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额为营业额。 ”条例第十一条中取消了原“建筑安装业务实行分包或者转包的，以总承包人为扣缴义务人”的规定。 新营业税条例下，建筑安装业务总承包人对分包收入不再负有法定扣缴营业税的义务，而应该由分包方以其取得的分包收入全额自行申报缴纳营业税，不管总包方与分包方间关于税金负担问题如何约定，均改变不了分包方营业税纳税义务...

收款人才开票给对方，开票人和付款人也不会一致啊。怎么成了一家单位？