没有什么本质区别,入学后有些课程也是在一起上如政治、外语和专业基础,区别只是将来的论文指导老师和自己的身份所属不一样。就这个学校而言,可能在学习氛围上会有点偏教学或偏研究的某些特点(包括复试),也不绝对,但有些学校的考试科目如果编码不同则题目也不同,而且研究所一般招生名额偏少(往往报名人数也少),未来的人脉多少有差异,所以还是看你自己的偏好了。