我也是一个新手，仅供参考：
用得是xilinx系列：FPGA中所有引脚不是等同的，所有引脚分为多个bank，每个bank包含一定数量的引脚。每个bank中，通过引脚的VCCO引脚（输出驱动）接的电压不同，bank引脚支持的标准就不一样。所以引脚功能是肯定有区别的，有的引脚是user Io，还有DCI（也可以作为user IO)还有支持差分信号的IO。另外还有一些配置引脚，如支持JTAG的引脚和电源、GND引脚。
希望楼主看看厂家的datasheet，虽然是英文的，但是真的很详细。
一般工程的话，每个可以做IO的引脚是等同的。
但是如果你在速度有约束的话，可能就考虑引脚了。就跟PCB走线一样，模块映射到FPGA逻辑单元的某个区域，而你配置的IO口在很远处，类似走线，走过去复杂了，速度可能达不到。
当然有区别，参考DATASHEET；
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