从主观上来看这件事情的话，商超系统拟定这样的管理条例是为了1、对员工起到一个规范作用；促使员工能配合公司来避免这种情况的发生，从而减低风险概率。2、一旦风险发生后能够用用工前双方签订的合同来要求员工赔偿。但是如果前者规范的好后者基本是不会发生的。因此这个是捆绑关系的。
从客观上来说公司被窃是有很多原因导致的，这些方面可能是公司管理制度的问题也可能是用人不当的问题、也可能是当地的人文风俗的问题。比如说印度的超市比在日本的超市被窃几率就要高出70%。而且盗窃行为是用刑法来规范的，并不在劳动法规范的范围，因此公司如果拟定这样的合同条款纯属霸王条款。如果真的发生了你也不必苦恼，完全可以上诉。
以上纯属个人意见，希望能对你有所帮助。
可以根据协议向法院起诉，可以要求提前解除合同或赔偿租金。这个要看协议具体内容。
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