我们公司从6天制改为5天制但要扣1天工资这合法吗?

　　用人单位克扣劳动者1天的工资是不合法的，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉或者申请劳动仲裁。
　　如果未及时支付工资，有两个途径可以要求支付工资：
　　1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大；
　　2、可以到当地劳动局申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，还可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决；缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。
　　法律依据：各省的工资支付规定。例如：
　　《广东省工资支付条例》第十三条 用人单位与劳动者依法终止或者解除劳动关系的，应当在终止或者解除劳动关系当日结清并一次性支付劳动者工资。
　　《山东省企业工资支付规定》第三十三条　企业与劳动者依法解除、终止劳动合同的，企业应当在解除或者终止劳动合同时一次性支付劳动者应得的工资。

这种情况下企业是占不到什么便宜的，或者说好处。

如果提起仲裁，首先会看合同，合同中有明确工作时间和工资待遇，如果没有明确工资待遇，则参考同一企业内的相同岗位，即同工同酬，如没有相同岗位，则参考同行业相同或相近的工种。
按照你说的这种情况，我来据个例子：
比如企业给某个员工的工资是2000元/月，一周工作6天，那么按照你说的合同内容，周6那天属于加班，而周6的加班需要支付的加班费是日薪的2倍，且一个月4天，按这样关系倒推回去，等于这个员工的月薪是1400到1500之间（没有细算），这时你只要看这个1400或1500的金额和劳动合同上签订的金额是否一致就行。