你新单位有党组织吗?如果有就不存在,你可以把你的党组织关系就放在单位,但如果不行就只有和你的学籍档案放在一起,如果不能参加组织活动应该有处理办法,要看看支部是什么意见,有时候考虑到工作比较忙是可以理解的。你也可以考虑把你的档案就跟着你人走啊,比如你新公司所在地也有人才中心吧,可以就放在离公司近点的,续费或者是办理手续什么的方便,以后万一结婚了要开什么出身证这类的也很方便。
关键还是看你的档案在哪里,党关系最好和档案在一起,现在对于大学生就业只要不是去政府机关几乎不存在工龄了,最后都是看你的养老保险缴纳年数来计算的。至于说你的档案建议放在户口所在地的人才,党员关系找找人吧,我只能建议到这个地步了,虽然我也曾经搞过人力资源工作但是没有遇见过你这样的问题!