51单片机是否自带程序，如果不是，那么编好的程序如何确定放在哪个单元里？

不是啊，它里面只是有各种各样的连线，你是通过程序来控制各个部件工作的。用kei软件可以用c语言编写单片程序在通过lSTC-ISP V29 Beta5软件下载到单片机的！
给你看看我的一个小程序：

//8个发光管来回流动，每个管亮100ms,
//liu动时让蜂鸣器发出“滴滴”
#include
#include
#define uint unsigned int
#define uchar unsigned char
uchar temp;
uint a,b;
sbit d=P2^3;
void yanshi();

void main()
{
while(1)
{
a=7;

temp=0xfe;

while(a)
{
P1=temp;
d=0;
yanshi();
temp=_crol_(temp,1);
a--;
}

b=7;
while(b)
{
P1=temp;
d=0;
yanshi();
temp=_cror_(temp,1);
b--;
}

}

}

void yanshi()
{
uint x,y;
for(x=100;x>0;x--)
for(y=500;y>0;y--)
;
}

不自带程序，用keil（用c编写），也可以是写入汇编指令。程序完成之后通过51下载线和lSTC-ISP软件（有好多版本）由rxd和txd两引脚下载入单片机。

程序当然是放在程序存储器里面啊！你管它放在哪里干嘛！MCU你只要知道，这边放猪肉，那边出来火腿就可以了，管它是怎么变成火腿的，不用研究它变火腿的过程！