你这个肯定不只赔偿3个月违约金的，具体的情况赔偿可能需要根据你所掌握的证据材料确定，关键是子公司是独立法人，那么你的证据材料必须有一个明确的单位指向后才能确定的你的赔偿计算。
现在的话，你关键就是收集证据，收集一切能够证明你在公司上班的证据材料，比如工卡、工资条之类的，还有就是你在公司的人事材料等等。先拿到手为后续维权做准备。
然后提起劳动仲裁，如果还不懂，可百度HI联系我
这个要根据情况，如果子公司成立后你与子公司签订了劳动合同，那么子公司承担你在该公司工作期间的经济补偿金。如果你没有与子公司签订劳动合同，而你与总部的合同也没有解除，那么总部应当承担全部工作期间的经济补偿金。
你的补偿应当是补偿金，而不是违约金。工龄应当连续计算。公司的做法是错误的。
纵横法律网 杨振夏律师
就你的描述来看，公司的主张不合理。
你可以通过申请劳动仲裁主张权利。
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