是因为氨基酸的种类不同。反应成紫色的是亮氨酸，反应成黄色的是赖氨酸，亮氨酸和赖氨酸混合溶液与茚三酮反应为棕色。
茚三酮反应分为两步，第一步是氨基酸被氧化形成 CO2、NH3 和醛，水合茚三酮被还原成还原型茚三酮；第二步是所形成的还原型茚三酮同另一个水合茚三酮分子和氨缩合生成有色物质。
大多数氨基酸反应形成蓝紫色产物，
谷氨酰胺和天冬酰胺与茚三酮反应则形成棕色产物。
而脯氨酸则与茚三酮反应则形成黄色产物
大多数氨基酸的α-氨基与茚三酮反应生成蓝紫色产物
而谷氨酰胺和天冬酰胺则因为另外含一个酰胺基可与茚三酮反应，生成棕色产物
最后脯氨酸则是因为脯氨酸与一般α-氨基酸不同,没有自由的α-氨基.，其α-氨基是亚氨基
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