上下班途中交通事故,肇事逃逸已判定为工伤但是公司说不能赔偿

根据交通事故责任认定书来划分赔偿额度，社保基金补差额而已。如果是同等责任的话，就是伤者承担一半费用肇事方承担一般费用，以此类推。交通事故造成的工伤，申请工伤保险待遇时候是要提交一份经济赔偿协议书并且有公安机关或者人民法院认可的，方生效。【不能赔偿这个说法 是因为你根本无法提供完整的材料来申请工伤保险待遇！】
肇事逃逸警察就要去抓人啊，关劳动局什么事啦？抓不到人也应该是受害者去催警察而不是找劳动局吧，为什么想得这么天真。逮捕肇事者的期限到了或者急需医疗费（但是急需医疗费的应该申请的是《医疗费预支》）才有先行支付的可能啦！但是很少有期限到了还没抓到人的......
对方不赔确实要到法院起诉，不过因为肇事方不赔钱而向社保中心申请先行支付的更是少之又少，因为都是以法院判决为标准的，如果有工伤认定书，肇事方肯定败诉，法院可以强制执行，就算真的没钱，也是要法院判定肇事者无支付能力才可以的。【为什么以法院判决为标准，举个经手过的例子，农民工兄弟在工地上受伤了挺严重，施工单位是总部在上海的企业，其实就是包工头以这家公司的名义在厦门承包工程，后来由劳动仲裁确认了劳动关系，公司也配合盖章签字，工伤认定下来做了鉴定，级别挺高，公司需要承担很大一笔费用（未投工伤保险的企业，职工受到工伤伤害，一切费用由用人单位承担），上海公司收到后走法律程序，上海那边的法院判定劳动关系不成立，于是在这边的工伤认定结果无效，鉴定结果无效】

我的想法是这样的。

不知道你问哪里的情况，上海的政策是：如果交通部门出具的交通事故认定书写明对方全责，并且对方已逃逸，那么单位可以到社保部门申请先行支付，由社保基金报销工伤医疗费。
如果找得到对方，显然得由该人赔偿。对方如果不赔，你可以去法院起诉。起诉后，如果法院执行无果的，也可以去社保部门申请先行支付。
依据：《中华人民共和国社会保险法》
第四十二条　由于第三人的原因造成工伤，第三人不支付工伤医疗费用或者无法确定第三人的，由工伤保险基金先行支付。工伤保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。

社保局说责任方肇事逃逸不能赔偿,这说法不正确，你可找公司或社保局交涉，不行的话，到法院起诉他们。