色谱仪实验使用的试剂包括流动相和样品溶液。流动相中的有机相应当用色谱级的试剂，如甲醇、乙腈、四氢呋喃等，离子对试剂也必须色谱纯。其它的如改性剂乙醚，一般用量非常少，调节PH的磷酸，分析纯的即可，因为用量少，没有太大影响。流动相使用分析纯的试剂，即使有杂质也只能增加色谱系统的背景吸收，平衡后色谱基线也是平直的，看不到杂质峰，只是检测灵敏度下降，小的色谱峰将被掩埋在基线中，系统噪声增加。
样品溶液的试剂如果有可以被检测到的杂质，在色谱图中是可以见到的。
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