A、细胞膜、细胞质、细胞核三部分是并列关系，概念之间无交叉，不符合题图模型，A错误；
B、群落、无机环境是并列关系，无交叉，共同组成生态系统，完全包含在生态系统内，不符合题图模型，B错误；
C、神经元树突和轴突是并列关系，概念之间无交叉，不是包含被包含的关系，神经元细胞体与轴突和树突组成的突起是并列关系，概念间无交叉，不符合题图模型，C错误；
D、激素由蛋白质类的激素由非蛋白质类的激素，与蛋白质之间有交叉，绝大多数酶的本质是蛋白质，与蛋白质之间由交叉，D正确．
故选：D．
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