本身国家商标分45类，软件产品跟网站是不同两个类别，只要对方不是著名商标，法律是允许在不同类别重名的。具体他保护了哪些类别，还是要查询之后才知道
目前你的问题是：别人有个软件叫XX 然后你的网站名字也叫xx 而不是网站的域名对吗？
如果是这样的话 你会涉及到侵权，因为计算机软件和网站名都属于4220这个类别！建议你告诉我们那个软件的名字这样才可以系统的帮你去分析
互联网网站保护是属于第42类。要注册商标可以先对商标名称进行查询，看是否有人已经注册过这个商标。之后如果可以注册，在办理相应的手续。
他的软件是做什么的？有没有申请版权？有没有商标？你的网站名是什么？有没有申请版权或商标？
如果你的网站是商业性质的网站，你所说的软件也是营利性质（收费）的，那你可以参考一下百度文库中的《谈我国网络域名与商标权冲突的解决机制》
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