据汉朝的刑法,死刑有两种减免办法:一是拿五十万钱赎罪,二是受"腐刑"。司马迁官小家贫,当然拿不出这么多钱赎罪。腐刑既残酷地摧残人体和精神,也极大地侮辱人格。司马迁当然不愿意忍受这样的刑罚,悲痛欲绝的他甚至想到了自杀。可后来他想到,人总有一死,但"死或重于泰山,或轻于鸿毛",死的轻重意义是不同的。他觉得自己如果就这样 "伏法而死",就像牛身上少了一根毛,是毫无价值的。他想到了孔子、屈原、左丘明和孙膑等人,想到了他们所受的屈辱以及所取得的骄人成果。司马迁顿时觉得自己浑身充满了力气,他毅然选择了腐刑。面对最残酷的刑罚,司马迁痛苦到了极点,但他此时没有怨恨,也没有害怕。他只有一个信念,那就是一定要活下去,一定要把 《史记》写完,"是以肠一日而九回,居则忽忽若有所亡,出则不知所往。每念斯耻,汗未尝不发背沾衣也。"正因为还没有完成《史记》,他才忍辱负重地活了下来。
汉武帝天汉二年(前99年),李陵与匈奴作战,因援兵不到,粮尽矢绝之后最终降敌。武帝愤怒,群臣皆声讨李陵的罪过,唯有司马迁为李陵辩解。然而,随着公孙敖迎李陵未功,谎报李陵为匈奴练兵以期反击汉朝之后,武帝族了李陵家,而司马迁也以“欲沮贰师,为陵游说”被定为诬罔罪名。诬罔之罪为大不敬之罪,按律当斩。
按照汉代法律,死刑可以用钱或宫刑抵罪。司马迁不是富贵人家,付不起赎金,便毅然选择了以腐刑赎身死,在坚忍与屈辱中,完成那个属于太史公的使命。