根据《行政处罚法》第三十八条之规定，B机关按照法定程序调查后确认违法事实不成立，应该不予以行政处罚并结案，不需要再次移交。
个人认为一般行政执法程序为先立案再调查，调查清楚无违法事实的可以在案件调查终结报告中注明情节，直接予以结案。立案与否其实不是重点，如果说B为了防止其他部门追究其不作为，那进行立案程序更妥当点。
