A、基因工程和蛋白质工程均是对基因进行操作，A错误；
B、基因工程合成的是天然存在的蛋白质，蛋白质工程可以合成非天然存在的蛋白质，B正确；
C、基因工程和蛋白质工程都是分子水平操作，C错误；
D、基因工程是将一种生物的基因转移到另一种生物体内，产生它本不能产生的蛋白质，进而表现出新的性状，但只能生产自然界已存在的蛋白质；蛋白质工程是通过修改基因或创造合成新基因来改变生物的遗传和表达形状，合成新的蛋白质，蛋白质工程不完全同于基因工程，蛋白质工程是第二代基因工程，D错误．
故选：B．
内容全部来源于网络收集，如有侵权，请联系网站删除：QQ：24596024