首先问你，你那用支付宝向东莞通公交卡充值，支付宝上有没充值记录在？如果有的话，可带上公交卡及支付宝那个充值记录到东莞通客服中心让工作人处理，地址在东莞市南城区东莞大道的东莞地铁2号线鸿福站里边，它附近有东莞市农商银行，康帝酒店，第一囯际，你在百度地图搜索，你这个情况建议你到东莞通客服中心处理最好。
建议楼主找个带NFC功能的手机进行圈存，基本不会出现圈存不进余额的情况。
