这是因为杂交水稻的基因型是杂合的，如果留种继续种下去的话，后代会出现基因分离，表现型不一致。可在同一大田中产生：AA、AB、BB三种基因型的植株，生长周期、特性各不相同因而造成减产。因此，不能留种种植。
水稻杂交品种，一般由水稻雄性不育系、保持系及恢复系进行杂交后生产的具有杂交优势的品种。如果留种继续种植，不能体现出杂种优势的特点，甚至会出现田间植株生长不齐，长势不好，抗逆性差，空瘪率高及产量大幅降低等情况。所以杂交稻不宜自己留种种植，否则得不偿失。
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