增值税专用发票都必须认证，不管你是否抵扣。你公司既然是一般纳税人就应该及时认证、抵扣，做到进项税账上形成留抵税款，等以后有销售了再抵扣。像你这样的情况，税务上称为“滞留票”，180天以后国税局会查到你们有专用发票没有去认证，也会找你的上家，你们要解释原因。
给你两个补救建议：
1、增值税发票认证期是180天，赶快把没超期的发票拿到国税局去认证。把损失降到最低。2、回来后把认证过的发票原来的帐务用红字冲消法冲出来，重新做帐。
专用发票都需要认证的，不管抵不抵扣。还有你公司既然是一般纳税人正常情况下应该抵扣做进项税额形成留抵税额，待以后有销售了可以正常抵扣的否则你们以后有销售后没的抵就吃亏了（除非你们做了什么亏心事，不敢抵扣），另外一般全年后税局会查到你们有专用发票没有去认证，你们要解释原因的
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