不合法。单位是无权利扣压工作者的毕业证和学位证原件的，工作者可以直接把原件全拿回，只需要提交复印件就可以。
1、根据劳动合同法第八十四条（ 用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚）规定，公司无权扣押证件。
2、一年内没签劳动合同的可以要求公司支付双倍工资。
对以上问题可以向劳动监察大队举报，也可申请仲裁。
根据《中华人民共和国劳动合同法》 第九条 用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。因此，是违法行为。
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