1.引爆摩天大楼
2. 第14个目标
3.世纪末的魔术师
4.瞳孔中的暗杀者
5.通往天国的倒计时
6.贝克街的亡灵
7.迷宫的十字路口
8. 银翼的魔术师
9.水平线上的阴谋
10.侦探们的镇魂歌
11. 绀碧之棺
12. 战栗的乐谱
13.漆黑的追踪者
14.天空的遇难船
15.沉默的15分钟
16. 第11个前锋
17.绝海的侦探
18.异次元的狙击手（未上映）
特别篇：鲁邦三世vs名侦探柯南（不纳入正式剧场版）
特别剧场版：鲁邦三世vs名侦探柯南THE MOVIE（未上映）
剧情简介：
1、看似结束的事件却尚未结束，犯人说他已把最大的炸弹放置在米花电影院中了，而且……那不是小兰正处在的地方吗！此时离爆炸时间已所剩不多了……柯南尽全力来到大楼内，用电话联系小兰教她如何拆炸弹。最后，只剩下两条电线，一红一蓝，到底应该剪哪条呢？是剪有小兰和新一的幸运色的那条？……此时是5月4日零点！
柯南突然想到森谷帝二说的“三分钟”才知道是帝二给他过生日的时间。这时柯南无意中想起小兰在帝二前说的她与新一的幸运色，一时才发现原来红色的那根才是引爆线。可是因为大楼的突然爆炸。使柯南被撞出门外。警员又碰巧救出柯南。小兰会剪断那一条呢？
2、被困在大厅里的众人纷纷找寻出口，刹那间灯熄了！名模特小山内奈奈的手却发出了闪光，然后惨遭毒手，而在她的尸体旁边有黑桃七和小鬼的扑克牌。此时巨大的爆炸声响起，犯人炸毁餐厅。大家逃离了海底，正当柯南指认凶手就是泽木公平时，凶手捉了小兰当人质，并要柯南将手枪丢给他，一切的景象就跟小五郎当年面对村上丈挟持妃英理做人质一样。柯南射中小兰的腿部，使凶手泽木公平不得不放了人质小兰，同时小兰也明白，父亲当时并不是要击中人质，而是为了救母亲，当爆炸的最后一刻，凶手泽木公平之前预定的直升机救了大家。
3、专门狙击人右眼的神秘杀手“史考兵”也在人群之中…… 她再次行动，目标是小五郎和小兰，刺杀失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目……柯南在“白鸟”的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，“新一”出现了……
本片中，怪盗基德的预告函以“世纪末的魔术师”署名，暗合20世纪末的播出时间。其实指的是彩蛋的制作者喜一，是19世纪末的事了。
4、专针对警察的连续杀人案件发生了，已经连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。 这意味着什么？是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行？警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。 而警视厅的内部秘密却如高墙般难以窥探！
柯南与毛利小五郎前往警视厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，但他们却意外地守口如瓶。在小五郎努力追问下，却得到白鸟警官一句：「Need not to know〔无须知道〕……」 这是警察之间所用的密语，也就是说杀人事件与警察内部有关！
毛利小五郎、柯南和众多警察参加白鸟警官妹妹的婚宴，席间突然停电，小兰和佐藤美和子警官都在厕所中，正当小兰拿起身旁的手电筒时枪声却响起，而佐藤警官也为了保护小兰而挨枪。听到枪声的小五郎等人涌入厕所时犯人却已不留痕迹地脱逃了。这时，小兰却因承受不了佐藤警官重伤昏迷的打击，从而患了逆性健忘！虽然记不起身边的事，但却可以照顾自己的日常生活。失去记忆的兰不断受到犯人的攻击，为了找回记忆，众人带兰去热带公园，却误认为找到真凶而放松警惕。此时，找出真凶的柯南赶往乐园保护兰……最后在喷水池中，兰想起了以前和新一的事，找回了记忆，并狠揍了一顿犯人。最后在大家的帮助下，犯人成功抓住。
5、柯南一行人在露营回家的途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的所有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋长的一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士！不久之后第一个杀人事件发生了……
而且，令人不敢相信的是“黑暗组织”的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是跟谁连络……而柯南的真正身分会被那些家伙发现吗？且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的劝说，双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。为了查出这场发生在总楼层高300米高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌——也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手——“黑暗组织”展开一场史上最恐怖的攻防战……
凶手令众人震惊不已，原因更是出乎意料，杀人手法别具一格，黑衣组织的登场，惊心动魄的爆炸场面，可谓剧场版的一个巅峰。
6、东京·米花市·米花市政大楼。这里正在举行，能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏「茧」的发表会。结合最先进技术的“茧”，其游戏方式是先进入一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过电脑操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的年代，并进行挑战的虚拟体验游戏。
柯南、灰原及少年侦探队成员们也接获邀请，前往参加这场受到全世界瞩目的发表会，并阴错阳差的混入政界、财经界以及演艺界等代表人物的小孩群中，趁机乘上“茧”。另一方面，“茧”的研发者兼负责人－坚村，竟然在发表会会场遭到杀害，而在这起杀人事件发生的同时，一个自称“诺亚方舟”的人工智慧闯入“茧”的电脑系统，并切断身处虚拟世界的 50 名孩童所有能与外界连结的管道，对现实世界中所有招待者宣布：“在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算你们赢。不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。”开始了一场失控的游戏。
少数知道柯南身份，同时也是工藤新一的父亲，世界名推理作家－工藤优作也是这场发表会的特别来宾。优作负责监修“茧”游戏中的历史事件，虽然能透过推理找出坚村遭到杀害的原因，但关于柯南一行人安危，他也只能在控制室看著他们的表现。
柯南一行人必须在“茧”所设定重现的 19 世纪伦敦贝克街，同时也是福尔摩斯留下无数传说之地，挑战一连串的考验。一场结合虚拟实境与现实，用 50 条生命为赌注的游戏即将开始！
7、在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子在等人时密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害；与此事件同时，大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团「源氏萤」的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名「义经」，部下则以「弁庆」为首，各自以家将姓名相称。
另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持委托他们解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像，因而请来了小五郎帮忙。柯南怀疑佛像是遭到窃盗集团「源氏萤」所窃，事件开始向破解的方向进展。然而在他到达义经、弁庆的传说流传的历史遗迹——最著名的京都五条大桥调查时，有个手持竹刀的男人突然来袭！
瞬间躲过袭击的柯南，看到那名男子后感到十分惊奇。那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探——服部平次，同时也是少数知道柯南就是工藤新一的人物之一。他也是为了追寻在大阪发生的窃盗集团成员被杀事件的真相而到达京都，总是在较劲的柯南与平次，这次为了查出事件的真相，决定联手进行调查，但是，两人万万没想到，戴着面具的黑影男人居然就出现在他们面前！
在稠密的京都十字路口，隐藏于历史阴影的谜题及陷阱将袭击柯南一行人！难解的事件、细腻的推理、友情、爱情以及主要角色全员到齐！而柯南的身体终于变回了工藤新一……
8、这架飞往函馆的飞机舱内，一出精心设计的杀人剧码竟然在众人面前活生生地上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群之中，又要解开发生在飞机上的密室杀人事件之谜，当案件被终结之时。飞机驾驶员突然中毒晕倒！飞机失控！此时，隐藏在人群中的怪盗基德站出来，请柯南一起驾驶飞机。基德对柯南说之所以他没偷「命运的宝石」，是因为他发觉那颗宝石是假的。
后来，怪盗基德竟然当着柯南，兰和园子的面逃走了！柯南只能让兰和园子驾驶飞机，自己则用手机和变声器指挥兰。
飞机的燃料所剩不多，简陋的降落场地也没有照明设施！此时兰竟然对新一抱怨起来，她波动的情绪无疑给飞机的降落雪上加霜。
基德真的就此逃跑吗？柯南和兰能够化险为夷吗？
相关疑点：本次剧场版有一个疑点：柯南和灰原的身份是虚构的，他们俩如何登上飞机？应该是因为在TV 345《直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件》之后FBI给柯南和灰原的保护计划中定义的身份。不过不是证人保护计划，而是和茱蒂一样的保护那种。
9、这场处女航行的重头戏——欢迎酒会就在这种人心惶惶的气氛中开始，而小五郎与柯南也在会场中展开了一场推理大赛。原本以为还差一步就能找到事件的真相，没想到此时船内的引擎室却突然发生大爆炸，原来犯人在亚芙萝蒂号的主要设备上装置了炸弹。爆炸後摇晃不停的船身让船员与乘客陷入一片恐慌，船上600条人命已完全掌握在犯人的魔掌之中。
在无路可逃的海上发生的这场大混乱，也使小兰面临了生命危险。犯人的目的究竟是什麼？
柯南与小五郎是否能粉碎犯人的阴谋，顺利救出小兰呢？
而柯南（新一）与小兰这段跨越时空的感情牵绊，正是解开这一连串事件的最大关键！
10、在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到奇迹乐园，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、毛利小五郎、少年侦探团，戴上了携带炸弹的ID，进入了游乐园，因此成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。而且，如果他们乘坐他们最喜欢的“超级蛇”过山车，就会脱离感应范围，ID同样会爆炸！
“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤。”神秘男子的电脑屏幕上显示着新一与兰的照片。
这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是……
就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的青梅竹马远山和叶也进入游乐场，成为了人质。就在调查到YOU CRY的时候，白马探也出现了。调查之路颇曲折，三位高中生将一同挑战谜题。但是，当柯南他们正努力调查敌人的真面目的同时，也面临着一连串的危机：枪战、追杀、受伤……
之后，他们虽然找出了真相，但是，在与犯人的冲突中，计算机被打坏了！
“ERROR!”“ERROR!”“ERROR!”
居然不能解除ID！现在只有不到15分钟的时间了！
柯南利用自己的知识，想尽各种办法，终于找到了“密码提示”
你最爱的人是——
柯南毫不犹豫地填入了自己所认为正确的答案。
“答案错误，再一次输入错误系统将会被锁死。”
唯一知道答案的那个人已经昏死过去。
离22点的钟声越来越近了！
真的没有办法了吗？！
11、太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗安·宝妮和玛莉·丽德曾在那里遗留了大量的宝藏。
今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，到神海岛度假游玩的柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课长安排的寻宝游戏。然而，一群觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们“treasure追求者”也潜入了这个迷人的小岛上，他们中间笼罩着一种非常诡异的气氛。小兰、园子和他们一起潜水的时候遇到了鲨鱼的袭击，尽管小兰和园子侥幸逃脱，但其中宝藏猎人中的一人被鲨鱼袭击死亡。猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，为了探求真相而展开了调查。海底宫殿中究竟隐藏着怎样的秘密？超越了300年时光的暗号，将由柯南为你解开！
12、近日，发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有超强乐感的天才歌手的歌声。
可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多凶杀的可疑案件。在此期间，堂本先生的四位弟子均被凶手利用爆炸杀害，其实这四位是堂本学院的第一届学生，2年前组成钢琴四重奏至今仍十分活跃。 但只因当初强灌酒于相马光，导致其后意外坠悬崖死亡，所以遭杀。
音乐会当天，柯南和女高音秋庭被袭，漂流在河流中的船上，兰等人所在的音乐会场外发生大爆炸，随着音乐会的进行，堂本音乐厅的23根承重柱被一根一根的炸毁。由于音乐场内有隔音、防火效果，众人在危险中完全不知情。柯南和秋庭利用水库中的电话拨打了110。顺利向警察求助，柯南等人通过屋顶顺利进入会场，此时，外围柱子已经爆炸了20根，在谈话之间又是3根，那么最后只剩会场最后一次爆炸。怜子小姐为了为柯南拖延时间，阻断了音乐会，唱出了“奇异恩典”阻止了堂本先生继续弹奏管风琴键阻止了爆炸，此时柯南也接近凶手，拆除了感应器。
此时，高木与佐藤警官也到达了能够阻击犯人的地点，但是在与犯人对峙的柯南挡住了射击轨道，因此无法射击，而犯人即将引爆最后一颗炸弹！柯南等人的命运何去何从？
13、若想解决这起事件，必须事先做好觉悟。
为了找出真相，仍需奋战到底。
“不要过来！小兰！不可以过来！”
梅雨季刚结束不久，在东京、神奈川、静冈、长野等地发生了一共6起杀人事件。
由於被害者身边都遗留著神秘的麻将牌，因此被认定为由同一嫌犯或组织所犯下的大范围连续杀人事件。
“为了维护警察的威信，必须阻止犯人继续犯案。各位要暂时抛弃管辖区域与争夺功劳的概念，一起协助调查这起案件！”
徽章2
在松本警视的号召下，目暮警部与各县辖区的刑警们一起参加搜查会议，而侦探?小五郎也前往提供协助。
●为什么要先诱拐被害者，并在其它地方加以杀害？
●麻将牌是谁留下来的？
●被害者在最后留下的神秘话语“七夕……京……”
在找不出这些谜题答案的情况下，会议只好暂告中断。
此时，柯南发现一名从会议地点走出来的刑警，坐上一台黑色的保时捷跑车。
“那台车……难道是琴酒！”
原来是黑衣组织的成员变装成刑警潜入会议，最后坐上琴酒的保时捷消失无踪。
袭击高中生侦探?工藤新一，并强迫他吃下毒药的琴酒为什么会出现？
这一连串的杀人事件，难道就是黑衣组织干的？
七夕之日，到来前又出现第7名牺牲者。
黑衣组织设下陷阱，将日本警察玩弄於掌心。
青山老师的M13手绘版海报
黑衣组织的成员突然变得异常活跃，
基安蒂与科恩负责妨碍警方的调查，苦艾酒负责追踪杀人事件的进展。
琴酒与伏特加计划暗杀重要人物，另外还出现一名神秘人物?爱尔兰酒。
就在警方调查该事件的同时，与柯南、新一有关的帝丹小学及高中却遭到不明人士入侵。
正当柯南察觉黑暗组织的阴影正朝著自己逼近之际，第七起杀人事件发生了……
柯南能否在这起事件中存活下去？ 黑暗组织 VS 江户川柯南！！
14、2009年12月9日发售的《少年SUNDAY》上公开了剧场版第十四部片名——《天空的遇难船》（天空の难破船）又名为《天空的劫难船》。青山老师按照惯例亲手画下了彩色铅笔版的宣传海报，不出意料，粉丝们都纷纷把目光放到了基德与小兰拥吻的镜头上，猜疑四起。另外的一张宣传图上更是有小哀被袭击的镜头。为了吸引眼球官方可谓是又下足了猛料啊！2010年3月6日，名侦探柯南剧场版官网更新，M14剧场版预告片也发出90秒的超长预告片。
15、「针对你这4年傲慢无礼的执政期,在此施下天理不容的警告。我等对你这个奸臣的死刑，早已万事具备只欠东风。朝仓知事的生杀大权，早已在我等手中。」
12月的某一天，获得连任的东京都知事朝仓先生接到了谜一般的恐吓信。信中扬言要将朝仓知事杀害！
同时，阿笠博士和少年侦探团一行人进入了与东都线平行的隧道中。了解到恐吓信柯南也在关注着东都线的首发直播。
突然！柯南注意到在隧道中的紧急停车带有一个人，但没有停着车，手里似乎还拿着什么...
柯南突然醒悟过来，那个人手上是遥控器！柯南立即察看隧道顶端：一排的塑胶炸弹！
柯南在阿笠博士停车后，冲进隧道，想要阻止爆炸！可惜炸弹已被启动，柯南只得打电话给当时在列车上的目暮警官。得到消息后的警官们立即要求列车员停下列车！紧急制动开始！而柯南也站在隧道中央，阻止汽车进入隧道，以免造成更大伤害！
“嘭！嘭！嘭！嘭！”炸弹爆炸，列车掉入了下方的隧道！而前方是个拐角！如果停不下来的话...
"停下来！！"
列车停了下来，没有掉下去。朝仓知事也安然无恙。
是怨恨朝仓的家伙预谋已久的犯罪吗? 为了追查不惜造成巨大惨案的危险罪犯，而朝仓知事在出任国土交通大臣期间建造北泽水力发电站的相关者中，难道没有人充满怨恨吗？柯南等人前往大坝的建造地新潟县……
在庆祝北泽村迁移5周年的纪念典礼上人山人海,呈现了一副热闹繁华的景象。果然,犯人就藏匿在其中。在柯南正要开始调查的时候，竟然在雪原上发现了死因不明的尸体！
同时，在昏迷了8年的立原冬马苏醒，给案件的侦破带来了线索。
在一步步的探索中，柯南与灰原发现了犯人的阴谋！他要炸毁北之泽水坝！！！
柯南未能阻止炸弹爆炸。在一阵阵的爆炸中，大堤崩溃了！大量的水倾泻而出！直接威胁到下游的北之泽村！柯南用尽全力，在最后关头引发雪崩改变了水流的方向。村子没事了，但柯南却被埋在雪中，无法动弹。
在15分钟里，人们能否救出柯南？柯南能否为自己搏得一丝生机？
16、柯南决定单独进行调查。就在任何线索都没有发现，调查陷入僵局的时候，小五郎再次收到犯人的挑战书！犯人竟然在J联赛的10个足球馆装上了炸弹！
而且，“解除炸弹的方法，已经写在这份挑战书中了。”
犯人所说的解除炸弹的方式究竟是什么？为什么会盯上小五郎呢？柯南终于将隐藏在挑战书中的暗号破解，同时他也知晓了“某件事情”。那就是，隐藏在这一系列犯罪行动之后的惊天阴谋！
柯南来到东都体育馆。案件在这里开始，在这里结束。在与犯人对峙中，犯人指出了柯南的推理中的致命失误！小兰危在旦夕！
4分钟，对前锋的考验。4分钟，决定上万人的生死！
爆炸仍在进行着，尽管犯人已经忏悔。但是，时间无法停止。柯南竭尽全力射门，但是因为一个吊灯，功亏一篑。
时间只有2分钟了！怎么办？有着3人高
的废墟挡在面前，踢不过去！怎么办？之前的4分钟，只剩一半了！
怎么办？足球腰带里的球已经用过了，无球可踢！
忽然，少年侦探团的出现，给事件带来了转机。通过4人的传球。大家的信念，都通过球寄托给了江户川柯南。
“足球的箴言，想起来了。”
时间仅有15秒了。
15秒，奇迹，会发生吗？
17、薄雾笼罩的京都，一起攸关日本国家安全的大事件即将发生。一艘疑似装载爆炸物的可疑船只靠近舞鹤湾。通过对船上相关数据和零部件的勘察判明，该船很大可能来自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。
就在同一天，江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰以及少年侦探团的各位一同观摩海上自卫队组织的对空作战演习，他们史无前例地登上了宙斯盾舰“穗高（ほたか）”号舰长，与全国各地聚集来的孩子们一起，被装备了电子武装的高科技宙斯盾舰带来的巨大魄力所震撼。
谁知演习中突发意外，原本虚拟的作战瞬间变成真枪实弹的杀戮。不久，海面上漂浮着的失去左臂的自卫队队员一等海尉笹浦洋介遗体被发现。种种不安与猜测在小兰和少年侦探们的心中蔓延。另一方面，海上自卫队迅速冷静地稳定事态，但始终不能探明敌人的真实身份和他的目标。就在此时，宙斯盾舰上发现了遇害队员的左臂，其配戴的手表指针停止在5:30AM。接二连三的异常事件，迫使大阪府警乘坐直升机赶来，与京都当地的同侪协作展开调查。在此期间，神秘的女性自卫队员藤井七海也登上了宙斯盾舰。
柯南通过随身携带的追踪眼镜、新道具卫星电话手表等装备与灰原哀、阿笠博士取得联系，此外更得到服部平次和远山和叶的协助。最强侦探团全方位通力合作，终于发现了这一系列事件背后的始作俑者——现已秘密潜入军舰内的某国间谍“X”。在此期间，平次和小兰等人的生命相继受到威胁。
X到底有何目的？他的真实身份是什么？自卫队员的左臂以及藤井七海的背后又隐藏怎样的秘密？关系到全日本生死存亡的巨大阴谋，此刻正有条不紊地展开。柯南将于与看不见的敌方间谍进行谍报战，面临危浪绝海的紧急任务。此次柯南能否再次守护朋友，协助海上自卫队保护日本民众免受战争的灾祸？
18（未上映）、以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔（注：以现实中634米的东京晴空塔为原型）竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团陷入恐慌。
柯南立刻利用追踪眼镜的望远镜功能，沿着弹道发现了一个黑色的身影。“从那么远的距离进行狙击，怎么可能？！”柯南马上与女高中生侦探世良真纯乘坐摩托车追赶逃走的狙击手，意想不到的是狙击手居然连警察的巡逻车都打算一起炸掉，整个追踪过程都被其玩弄于股掌之中。结果，这场激烈的追踪将FBI也卷入其中，犯人以及狙击事件的谜团都消失在了大海里。
于是柯南和世良协力，而警察和FBI合作调查此案，终于查出了美国海军特种部队“海豹突击队（Navy Seals）”的存在。其实这起狙击事件不过是接下来将发生的大混乱的第一步！与此同时，住在工藤新一家的神秘研究生冲矢昴也不动声色地秘密行动起来……
特别篇：在维斯巴尼亚王国，女王萨克拉死于猎枪走火事故，而王国的吉尔王子，因母亲由于自己的猎枪走火死亡而过度自责，最后以手枪自杀身亡。惨剧的消息迅速传播，轰动各国新闻界，当然，也传到了江户川柯南和鲁邦三世耳里……
女王及王子的死，使公主——米拉将继承王位成为下届女王。当米拉女王到日本访问时，她遇见和她十分相似的兰。米拉希望自由地玩一次，而兰想一尝当公主的滋味，因此她们换了衣着，但伯爵─基斯不公布公主失踪的消息，并把兰带回国，而柯南亦偷偷地跟随兰上机……这个时候，鲁邦准备向“女王皇冠”下手。
惨剧背后隐藏着怎样的秘密？“平成年代的福尔摩斯，日本警察的救世主”工藤新一（江户川柯南）对决“世纪大盗”鲁邦三世！ 胜利归向何方？
特别剧场版（未上映）：满月之夜的钻石偷盗事件，犯人摆脱了警察的包围网华丽地逃走了，江户川柯南在独自追捕逃犯时遭遇了石川五右卫门的袭击，柯南方才明白这次的对手将是鲁邦三世。
鲁邦之后将目标转向“幻之秘宝”樱桃蓝宝石。收到鲁邦预告函的目暮警部等人，迎来了鲁邦三世潜入搜查官钱形幸一警部，他们开始合力抓捕鲁邦三世。鲁邦则在宝石顺利得手后，听从峰不二子的要求，将宝石交给了神秘男子阿朗·斯密斯。他的目的到底是什么？
与此同时，来到日本的还有超人气海外偶像——艾米里翁·瓦力迪。但他却收到了死亡恐吓信，要求终止艾米里翁在日本的演唱会，否则就会丧命。因此艾米里翁和其经纪人克劳迪娅·贝尔琪求助于毛利小五郎。
对超人气偶像的恐吓，幻之秘宝的盗窃事件，柯南认为这两个事件都与鲁邦三世有关。
走投无路的危机在逼近柯南等人。该信任谁，又该怀疑谁？逼近身边的神秘巨大组织，鲁邦真正的目标又是什么？而柯南又能阻止这个计划吗？
因为字数超出最大额，删了一点，凑合看看呵~
1.引爆摩天楼 1997年
2.第十四个目标 1998年
3.世纪末的魔术师 1999年
4.瞳孔中的暗杀者 2000年
5.通往天国的倒计时 2001年
6.贝克街的亡灵 2002年
7.迷宫的十字路口 2003年
8.银翼的魔术师 2004年
9.水平线上的阴谋 2005年
10.侦探们的镇魂歌 2006年
11.绀碧之棺 2007年
12.战栗的乐谱 2008年
13.漆黑的追踪者 2009年
14.天空的遇难船 2010年
15.沉默的十五分钟 2011年
16.第十一个前锋 2012年
17.绝海的侦探 2013年
18.异次元的狙击手 2014年
19.业火的向日葵 2015年
20.纯黑的噩梦 2016年
1.引爆摩天楼 1997年
2.第十四个目标 1998年
3.世纪末的魔术师 1999年
4.瞳孔中的暗杀者 2000年
5.通往天国的倒计时 2001年
6.贝克街的亡灵 2002年
7.迷宫的十字路口 2003年
8.银翼的魔术师 2004年
9.水平线上的阴谋 2005年
10.侦探们的镇魂歌 2006年
11.绀碧之棺 2007年
12.战栗的乐谱 2008年
13.漆黑的追踪者 2009年
14.天空的遇难船 2010年
15.沉默的十五分钟 2011年
16.第十一个前锋 2012年
17.绝海的侦探 2013年
18.异次元的狙击手 2014年
19.业火的向日葵 2015年
20.纯黑的噩梦 2016年
21.唐红的恋歌 2017年
22.零的执行人 2018年
第一弹：引爆摩天大楼
第二弹：第十四个目标
第三弹：世纪末的魔术师
第四弹：瞳孔中的暗杀者
第五弹：通往天国的倒计时
第六弹：贝克街的亡魂
第七弹：迷宫的十字路口
第八弹：银翼的魔术师
第九弹：水平线上的阴谋
第十一弹：绀碧之棺
第十二弹：战栗的乐谱
第十三弹：漆黑的追迹者
第十弹：侦探们的镇魂歌
第十四弹：天空的遇难船
第十五弹：沉默的十五分钟
第十六弹：第十一位前锋【最新的，还未出】
名侦探柯南
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