无建筑手续虽属违章，但既然建成了，如果不属于控建区域也受物权法保护，法律原则是：对官是法无明文许可不可为，对民是法无明文禁止暂可为。以库房抵租金是你们双方协定当然可以，租房合同应该有效，但你办厂工商登记时要提供房产证和租房合同怎么办下来的？你是正规生产经营，有合法手续收入当然合法。
