事业单位主要是区分在编还是非在编人员，不分大集体还是小集体，在编的自己缴费的那部分钱，由政府在工资中加进去，再扣工资缴费，实际是财政缴费的。不在编的是在自己的工资中扣缴的。
只要有劳动关系续存，缴纳社保是必须的，如果有纠纷可以申请劳动仲裁。
