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有关本经的注疏，中文方面有一行的《大毗卢遮那成佛经疏》二十卷、《大毗卢遮那成佛经义释》十四卷，此二书为本经最重要的疏释。其中，《疏》多为东密所依循，而《义释》则较为台密所重视。此外又有新罗·不可思议的《大毗卢遮那供养次第法疏》二卷，注释本经第七卷。《西藏大藏经》丹珠尔中，收有佛密《毗卢遮那现等觉大怛荼罗注释》等注释书。此外，日僧空海有《大日经开题》一卷、圆仁有《大毗卢遮那成道经心目》一卷。
◎附︰《文殊大藏经》密教部一〈大毗卢遮那成佛神变加持经导论〉（摘录） （经第一、疏第一、指心钞第一）
此品可视为《大日经》之序品，通论本经之大意。所谓住心是安住于众生自心之实相，即安住于一切智智。一切智智者意指如实了知诸法实相之灵活妙用。体现此一切智智者名为一切智者、一切见者、一切觉者。真言乘之菩萨为入如来真实言之门，依此观诵真实门，发自心菩提，自心即具备万行，见自心之正等觉，证自心之般涅盘，发起自心之方便，而至严净自心之佛国。由如是因位，至果位止，将此安住于无染无著之清净心称为入真言门住心。简称为修真言行。
此品中阐明三句、八心、六十心、三劫、六无畏、十地、十喻等。此三句、八心等因是列举自心之种种相，总该凡夫心之实相，莲华胎藏曼荼罗是表现我等心之实相者。 （经第一、疏第三、演奥钞第一）
‘入’为趣向、游履、引入之义，‘漫荼罗’意为道场，‘具缘’为因缘具足之义。构成道场需择地，再清净此地，再选择吉日良辰等，众缘必须具足才可。此等众缘皆以如来之真言加持、灵化所成，故名为入漫荼罗真言品。此品中专为说明七日作坛灌顶的轨则。是如来显现支分生漫荼罗，而揭示秘密心地之体性，这是为来世众生，显示构成图画漫荼罗的模范者。其次关于择地造坛，是于首尾七日间举行，于第三日确定尊位，于第六日护持弟子法，即作三昧耶戒，至第七日之夜，正面挂释尊像，使弟子入坛而行灌顶。此七日作坛灌顶为方便手段，最后令弟子证入心内本地之漫荼罗。心内本地漫荼罗名为秘密漫荼罗。如来本意是欲使弟子真正地入秘密漫荼罗，但因劣慧之真言行者不能信受无相秘密漫荼罗，故设心外有相坛，显示修行证入的方轨，亦即具缘漫荼罗。漫荼罗又分秘密（或称身内）、支分生（或称嘉会）、图绘（或称大悲）三种。今称七日作坛漫荼罗为悲生漫荼罗，或大悲漫荼罗，因为是摄化利生之外现化他漫荼罗故。此悲生漫荼罗，更分广略二种，广者为阿阇梨所传之漫荼罗，略者指经所说之漫荼罗。 （经第二、疏第九、演奥钞第三十二）
所谓息障，息是止息，障为障碍，息除内外两种障碍，即为本品主旨。真言阿阇梨或弟子，在画漫荼罗或持诵真言时，易生种种障难，本品即阐述除去此障难的方法。究竟障难是从何处发生呢？本品以为种种障难差不多皆是行者内心所生。而产生障难的真因，是因悭贪邪见等，除去此悭贪邪见等时，即为诸障难自消灭去之时。菩提心最能对治此悭贪邪见等障难，行者若常念此菩提心时，就能澈底除去诸障因。 （经第二、疏第十、演奥钞第三十三）
普通之‘通’为遍通，此品所揭示的真言，因为是通一切方便，故称普通真言。藏为含藏具足，为含藏普通真言之意。
执金刚中，金刚手为上首，菩萨中普贤为上首，于大日如来面前稽首作礼，而于大悲胎藏生大漫荼罗王，演说通达自心中之清净法界之法门。此等菩萨因为从各各所证所解之一门，阐示大漫荼罗之清净法界体，故谓若是真言行者，持诵此等菩萨所开示之真言，由此一门法遂能流入无尽法界普门之大漫荼罗王体中。 （经第三、疏第十、演奥钞第三十六）
此品阐示世间之息灾、增益、敬爱、降伏等之悉地成就。出世间之甚深秘密宝藏，因为不可能以言说示人，故假藉世间有为有相事来喻示法界藏中微妙之深意。
悉地出现品第六（经第三、疏第十一、演奥钞第三十七）
悉地（siddhi）意为念愿成就。念愿有世间及出世间两种，前品示成就世间念愿之相，此品及次品揭示成就出世间念愿之相，而出现即意味着成就相之出生显现。世间出世间之一切成相，皆悉是从如来之加持护念力所出生。 （经第三、疏第十二、演奥钞第四十一）
有关此品有种种说明，一云︰上两品阐明世间出世间之果体，此品则叙述修入之方便。或曰︰上面两品是述说悉地所生之功德，此品是正明悉地能生之法体之心法。或云︰上品是五字严身，系明此色身之成就，此品中明大菩萨之意处即是漫荼罗，而示法之成就。总之是解明心成就之相。 （经第三、疏第十二、演奥钞第四十二）
转即旋转意，即顺着陀罗尼旋转观诵之意；将此陀罗尼字轮旋转观诵，即漫荼罗行。所谓观诵，指行者于心中见‘阿’字，且于口诵时观菩提心之义；若于口诵‘伊’等字时，即谓如观三昧门。又前品中，叙说‘阿’字之妙体作为内心成就相，于此品中，将‘阿’字当作百光遍照王，‘阿’字之光明成百千万亿字门而显现，又揭示百千万亿字门归于‘阿’字的旨意。 密印品第九（经第四、疏第十三、演奥钞第四十四）
密是秘密，印为标帜，密印即为法界漫荼罗之标帜。一切诸佛以此法界标帜之密印庄严自身，故能成如来之法界身。真言行者以此密印加持自身，能与如来之法界身同等，故处生死中，巡历诸趣；又于一切如来大会中，因持此大菩提幢，故得胜快乐，八部众等不能障害，且将敬仰行者，领受教命并乐于受行者驱使。于前品中揭示口密陀罗尼，于此品中开示身密。此品中所说之印数总计百三十九。 （经第九、疏第十四、演奥钞第四十七）
‘字’是梵语，谓为恶刹啰（aks!ara）之译，无流转之义，意为不动而无旋转。‘轮’为转之义，如世间之轮于旋转时，切断一切草木类，此字轮能破一切无明烦恼。恶刹啰为不动之义，不动即指菩提心。大日如来住于菩提心之体性，种种示现而利益众生，垂迹之相广多无量，然而事实上是常住不动，而无起灭相，恰如车轮之转动无穷无尽，而其枢轴却未曾转动，枢轴因不动，故能统制周边之轮，使其不致逾轨。菩提心之‘阿’字亦是本自不动，而能生出一切众字。众字因为是以‘阿’字为中轴，而成辐状，也就是‘阿’字之变形。如此之众字轮在经中称为遍一切处之法门。经中谓真言行菩萨若住此字轮观，从初发净菩提心乃至成佛止，在这期间的自利利他之种种事业，因此法门之加持力，皆可得成就。 经第五、疏第十四、演奥钞第四十八）
秘密之‘秘’为深秘，‘密’为隐密之意，秘密漫荼罗指字轮三昧。大日如来以如来之慧眼，观察遍一切处之法门已，入法俱奢（kosa），从此三昧中显现法界之无尽庄严，利益无余众生界。此时，在无尽无余之众生界，自佛口发出随类之音声，从各个毛孔中显现随类应同之身相，同时以字轮诠示如来秘密内证之德。 （经第五、疏第十六、演奥钞第五十四）
前品是揭示所入法体，此品是揭示能入之人即真言菩萨，能通悟秘密漫荼罗法而至方便。开示真言大阿阇梨耶将使受法弟子入此秘密漫荼罗，以字门法教弟子烧尽业障，而入秘密漫荼罗。 （经第十五、疏第十六、演奥钞第五十四末）
此品中明示弟子入坛后安住于法佛平等大空位之要旨。所谓漫荼罗位，是意生八叶大莲华王之义。处此位，能入金刚智体。即真言行菩萨悉净除一切尘垢，即我人、众生、寿者、意生、儒童、造立者等之妄执，而于心内现观意生八叶大莲华王，其中的如来是一切世间最尊特之身，超越身语意地，证成殊胜悦意之妙果的佛身。 （经第五、疏第十七、演奥钞第五十五）
秘密八印是
(1)大威德生印，
(2)金刚不坏印，
(3)莲华藏印，
(4)万德庄严印，
(5)一切支分生印，
(6)世尊陀罗尼印，
(7)如来法住印，
(8)迅速持印。
真言行菩萨即使入住秘密漫荼罗中，若无感应处，本尊不会降赴道场。本尊如未降赴道场，即使作诸行事，亦不可能成就念愿。然而加持此八印及真言时，本尊会依此加持妙力，自然地降临道场。 （经第五、疏第十七、演奥钞第五十六）
持明指六个月持明，禁戒指六个月持诵真言期间内，应护持制戒之意。禁戒之禁为禁制不使放纵，戒是戒慎不为非行之意。六个月之持诵，因为有防非止恶之义，故持明者即禁戒也。 （经第五、疏第十七、妙印钞第六十九）
真实智为‘阿’字所生之智，所谓本有之妙智。又为自性清净内证真实之干栗驮（hr!daya）心。此品是叙说由此‘阿’字出生之心，是阿阇梨真实智，且将‘阿’字视为遍一切处之漫荼罗的真言种子。 （经第五、疏第十七、妙印钞第七十）
在行者自身之上中下布置种子，是为将诸佛之万德具备于其身。行者住于‘阿’字净菩提心地，将一切的字门布置于身之分支，是以行者身显示成为遍一切处普门法界漫荼罗之意。 受方便学处品第十八（经第六、疏第十七、妙印钞第七十）
此品揭示方便学处，可为真言行人之用心。密教护持戒中有二，一为制戒，持明禁戒品所明示者即为此；二为方便禁戒，即为本品所说之戒相。学处即指作为大乘菩萨当然应学之处，梵文称式沙迦罗尼（s/iks!a^ka^ran!I），译为应当学。而其戒相是十善戒、十重禁戒、五戒、四重戒等。 （经第六、疏第十八、妙印钞第七十二）
在说上面之真言品时，就应说此品，但是为防止慢法者独修，故不叙说。此处经文，自‘暗’字衍生二十五字，各自施予四转而成百字。将‘暗’字称为百光遍照王，即为此意。以‘暗’字为成佛之要谛，三世十方之诸佛，依观此字而能成正觉，故此为成佛之直道、现证之妙行。此‘暗’字是一切真言之心，于一切真言中，最为尊贵，故称此为不空教真言。因一切众生之见闻触知处或被‘暗’字光明照耀时，皆必成为无上菩提之因缘而无有空过，故名不空。 （经第六、疏第十八、妙印钞第七十二）
上品叙说百光遍照之行仪，此品是揭示遍照果地之万德。前品是阐述‘暗’字百光之图曼荼罗，此品即与其相应者。今依图曼荼罗以阐明行果相应。经曰︰‘秘密主！入薄迦梵大智灌顶，即以陀罗尼形示现佛事。尔时大觉世尊随住一切诸众生前，作佛事，演说三三昧耶句。（中略）尔时释尊于无量世界海门，遍法界，殷勤劝发成就菩提，出生普贤菩萨行愿，于此妙华布地胎藏庄严世界种性海中受生，以种种性清净门，净除佛刹，现菩萨场，而住佛事。’经中所谓大智灌顶，是指于第十一地等觉位，蒙受十方三世诸佛灌顶，成三界之法王子位。 （经第六、疏第十九、妙印钞第七十二）
所谓百字，其体是‘暗’字，‘暗’字之光明现百字之相，故称此为百光遍照王真言。在第十九品中揭示‘暗’字之字体，第二十品是叙说三密及与此字门相应者，于此品中揭示百字成就相。依‘暗’字之加持故，于意生八叶台上，安住于三三昧耶，因证得金刚微妙之极位，故谓此为秘密中之最秘，难得中之最难得者。 （经第六、疏第十九、妙印钞第七十四）
此品阐述百光遍照王之‘暗’字门的持诵法则。于‘暗’字之一字中揭示分别三十二字，是三十二相，仰等五字是八十种好。依百字成就持诵力，证成垢身及净身平等无异，又染心与净心亦平等无二，据此平等法界去除情见之冥暗，产生智慧的光明，遍满十方世界，恒作佛事，譬如如意宝珠应人之念愿，而普雨珍宝，只要一心一意的意乐、祈愿，则无所不成。 经第六、疏第十九、妙印钞第七十四）
于此品中揭示‘暗’字字体‘阿’字之德。修真言行者以‘阿’字加持一切法而成无上正觉者，乃是因为加持一切法，使同‘阿’字之大空三昧。‘阿’字是本不生不可得空之义。因诸法本来不可得空，故行者之心，如与此‘阿’字义相应，就能达至诸法之源极，具足众德而得通一切佛法。 （经第六、疏第十九、妙印钞第七十五）
此品阐述此经之要义。所谓要义，就法而言是净菩提心，就人而言是中台心王之大日尊。〈住心品〉云︰性同虚空，即同于心，性同于心，即同菩提。如是，秘密主！心、虚空界、菩提三种无二。此等以悲为根本，方便波罗蜜为满足。又在本品叙说菩提性，‘如十方虚空相，常遍一切无所依，如是真言救世者，于一切法无所依。’真言救世者是指胎藏曼荼罗之中台尊。真言救世者为诸法之所依，为一切之根源。因为是源处，是一切万有之本源，其本身固无所依据，故称无所依。 （经第六、疏第十九、妙印钞第七十五）
三三昧即三平等之义。心、智、悲三者平等为一，故名三三昧耶；佛、法、僧三者为一而平等，故曰三三昧耶；法身、报身、应身三者本来平等，故称三三昧耶；证悟心、佛、众生三者为无二无别，此亦为三三昧耶之义。三昧耶（samaya）即为平等，一致相应之义。 （经第六、疏第十九、妙印钞第七十六）
此品述说菩提、佛、正觉、如来四者。住于如实菩提心，且乐求彼之菩提者名为菩萨。满足十地，达至法之无性，上冥会于法身，下契合于六道者名为佛。觉法之无相，圆满十方者名为正觉。脱离无明之域，安住于自性智者曰如来。 （经第六、疏第十九、妙印钞第七十六）
护摩（homa）译作烧供。此品揭示外道护摩有四十四种，佛法之外护摩有十三种，并列举内护摩、外护摩之众缘支分及内护摩作业。
护摩主要者为本尊、火炉及行者。如炉火烧尽薪木般，本尊的智火可烧尽行者之烦恼薪；阿阇梨的智火，又烧尽弟子之无智薪，遂悉毁妄执之薪，唯住于此本初不生之一大圆明中而常受平等法界之大乐。具足外缘事而行称为外护摩。又住于瑜伽之妙观，而烧尽行者之烦恼垢者是大日如来之智火，如来之智火是行者自心本具之智光，观此本尊大日如来及行者与炉火为本来平等，称此为内护摩。 （经第六、疏第二十、妙印钞第七十八）
此品揭示本尊有字、印、形之别，而字更有声及菩提心之别，印有无形及有形之别，形更有清净与非清净之别。字印形之三种中有二别，依有相及无相，声、有形、非清净是有相，菩提心、无形、清净为无相。此中凝滞于有相的，是作为念愿成就之结果者，为得有相悉地；而体达至无相，是为得无相悉地。无相悉地意为得佛果。 （经第六、疏第二十、妙印钞第七十八）
无相非指无相空寂，而是指自性清净之圆明法体。离有相并非无相，而是认清圆明实性之不可思议实相，非认为有为法外有无为法。所谓有为法之三种世间，或有为诸行事的三密妙行，能照样还原至无相平等之法性。本经中前已揭示之三密妙行也皆因缘所生，如因缘灭，妙行也灭，故知三密妙行本无自性。妙行因其自体无自性，故不生不灭。因不生不灭故阿字成为契合于本不生际之深理。为使摄于实我实法见解之凡夫行者悟入无相一实之法体，依有相三密之行相，受无相阿字门之诱导，而使归入平等绝对之圆明者，为本经之要旨纲目。故真言行虽修有相三密之妙行，但心机一转而入无相平等之妙观，此为至极者。 （经第六、疏第二十、妙印钞第七十八）
真言法中有世间及出世间之别。世间持诵指以世间之福乐长寿等为目的的修法，出世间持诵是断烦恼妄想，而以得佛果为目的。持诵是等持口诵之意，将行者的心念专注于本尊，口诵为本尊誓要的真言。持诵本尊真言时，有心意念诵及出入息念诵之别。心意念诵是将行者的心力所念专注而念诵真言，出入息念诵是应出入息而口诵本尊真言之意。此为真言行成就之常规，若与此相反时，则徒劳而无效。 （经第六、疏第二十、妙印钞第七十九）
嘱累之‘嘱’为付嘱之义，‘累’为继承之意。谓将此妙法付嘱于弟子，使继承法脉至千岁。但，弟子必须是法器者。传授密法需严择人、时、地，阿阇梨若怠忽严择，灾祸及身，此需严持警觉。
供养念诵三昧耶法门真言行学处品第一（大日经第七卷）
广明真言行者之用心，欲成就自利利他之愿行，是为证得无上智愿，是以提示真言行者修行之要点，作为得此无上智愿之手段。种种真言行法发生事，且于真言行中为何应以信解为主等，此品中均有详述。
增益守护清净行品第二（大日经第七卷）
清净行是真言持诵者之精要，若依此清净行将得世间出世间之胜妙果。日夜住于念慧，起卧照法则所示，必须注意不可放逸。放逸是罪恶之根，障害之源。清净六根，对无边无尽的众生界怀着慈悲忍辱之心，劝诱彼等于佛一乘道，使发起上求菩提之念；又定斋室空静处为住处，其中安置本尊及胜妙圣典，供妙花，燃净香，应于心中现观十方三世诸圣等，为本品所明。
供养仪式品第三（大日经第七卷）
净身于正业，住于定，念本尊，依真言及印契，从本尊所在之国土招请本尊，如念诵行法完了，奉送本尊回本土等，皆依真言、印契及观想来行此仪式。并且妙行中因易生魔障，故应仰请不动明王为守护者，可念愿求其冥助等，此品中均有说明。
持诵法则品第四（大日经第七卷）
此品揭示行者持诵真言时，应观‘佉’字于其顶，即思自身与虚空等同，其次观‘暗’字于颈内，而后持诵本尊真言，依本法身之加持力，可得成就诸愿，且谓持诵时可依时与相。时是持诵要定日限而行，相则是显现行者罪障净除的征兆。如无此征兆，可知持诵无效验。
真言事业品第五（大日经第七卷）
真言行者加持自身而成金刚萨埵，思佛菩萨等无量功德，于无尽众生界，起大悲心，将所修之善根回向于法界众生，自利利他；往返于生死之迷界，而精进于福智之修集，可祈念圆满成就一切众生所有之希愿；又于清净处饰以香华，将自身观成观世音菩萨，安住于如来自性，加持自身。