首先，要在创新基金网络系统中注册一个帐号。申请后，提交区县科技主管部门进行初级激活。创新基金采用属地化管理，区县科技主管部门要选择企业所辖地区。一般来说，初级激活需要企业将注册信息文件（7个文件，在系统中能够看到）原件及复印件交区县科技主管部门进行验证。
其次，在初级激活后，进入系统，选择申报项目管理，按照系统给出的提纲组织可行性研究报告及相关的附件内容，附件的准备要根据项目申报指南中的要求准备。
部分附件还需要进行数字化摘要。
再次，将项目提交到区县科技主管部门，并将相关附件中的原件交区县科技主管部门验证（一般情况需要验证，各个地方管理要求不一）。
最后，等待地方项目组织单位评审后提交国家（如部分地区选择联审方式或共同评审方式，则后续的工作流程不一）。在国家立项后公告，企业在系统中签订合同。至此，申报流程截止，下面还有监理和验收流程。在基金中心网站上，查找申报须知，将会有更为全面的解释。
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