轻伤案件，双方当事人已经达成调解协议，可以撤案吗？

等查清楚了再说，因为公安局要把他们的职责履行完。

你好，如果立案了，就不仅仅是双方当事人的事了。
纵横法律网-广东德荣律师事务所-秦红梅律师

是否撤销案子由警察决定
纵横法律网-北京市汉威（深圳）律师事务所-张高爽律师

如果达成赔偿协议，可以要求撤案。
是否准许，由办案部门决定。
纵横法律网-广东际唐律师事务所-韦锋律师

公安局法制办所谓的“事实未查清”不是不撤销案件的理由。
刑法诉讼法第15条规定：有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的、应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。
(1)情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的；
(2)犯罪已过追诉时效期限的；
(3)经特赦令免除刑罚的；
(4)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
(5)犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
(6)其他法律规定免予追究刑事责任的。
撤销案件，公安机关应当报经上级领导审查批准，然后写出撤销案件报告。检察机关在办理直接受理侦查的刑事案件，对依法不应追究刑事责任的被告人，可以决定撤销案件。对决定撤销的案件，应制作撤销案件决定书。公安机关对决定撤销的案件，应写出“撤销案件通知书”，报送检察机关。
如果说事实未查清，那估计是公安机关对受害人申请撤销案件的动机另有隐情，恐遭人胁迫威逼的情况做出的撤销案件的申请，如果不是这样，受害人坚持要提出撤销，那公安机关应该给予支持的。