楼主想的太多了，不过有一点你的怀疑是正确的，其实电影里所描写的三个世界（人类世界、机器城、锡安）全部都是虚拟的，他们三方都只是运行在一个完整的系统中，但各自都认为自己才是真实的，其实真正存在的就只有一个，就是这个系统的总设计师。
从墨菲斯对NEO实行的一个特警训练中墨菲斯所说的话也可以发现，他说，每个人在黑客帝国2最后和3里面。（可以仔细观察下之前的样貌，就是贝恩）后来就
导演其实不是导演 他是未来战士 多思考我觉得你完全有机会拿到诺贝尔奖
电影嘛！一种艺术而已，可能是真可能是假，不过又怎样呢！？
想的太多了 人就迷茫了 记得以前的古代话不杞人忧天
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