覆土的具体时间应依据菌丝的生长情况而定。一般是当菌丝长到料底或蔓延至料层2/3时覆土，大约在播种后的第18～20天进行。
覆土材料以选择草炭土为好，但国内大部分地区缺乏草炭土资源，实际生产中一般就地取材。生产实践表明，鸡腿蘑覆稻田土与覆菜园土相比，不仅杂菌污染少，而且产量也较高。覆土材料使用前先用石灰水调至中性，将含水量调为25%～30%，然后将调好的覆土材料均匀的撒在料面。覆土厚度（3～5厘米）依实际情况而定。料层较厚时覆土也随之稍厚，反之亦然。覆土较厚时，出菇较迟，鸡腿蘑数目少，但菇体肥大；覆土较薄时，出菇较快，菇体小，鸡腿蘑数目多。覆土的厚度还要视品种特性和覆土材料的结构而定。大粒（肥厚）型品种，覆土稍薄些，反之，则覆土应厚些，有利菇体长大，适当减少出菇密度。有机质丰富、孔隙度大的覆土材料，覆土可厚些；黏性大、孔隙度小的材料覆土宜薄。
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