印花税能否在土地增值税清算时扣除？

会计政策的变更和税收政策根本就是“风马牛不相干”的事，会计准则是指导企业做账用的，税收政策是指导企业进行纳税申报用的，两者出现差异是很正常的事。实际工作中，很多人认为是因为在管理费用中计算扣除过一次，所以在“与转让房地产有关的税金”不再另行扣除。其理由是：财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知（财税字[1995]48号）九、关于计算增值额时扣除已缴纳印花税的问题：细则中规定允许扣除的印花税，是指在转让房地产时缴纳的印花税。房地产开发企业按照《施工、房地产开发企业财务制度》的有关规定，其缴纳的印花税列入管理费用，已相应予以扣除。其他的土地增值税纳税义务人在计算土地增值税时允许扣除在转让时缴纳的印花税。所以，误认为只要是在“管理费用”里核算的税费都不能在土地增值税清算中单独扣除，在“营业税金及附加”里核算的税费可以单独扣除。
这实际上是对不同领域法规的竞合部分产生了误读，土地增值税相关税收法律法规并没有变化，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第七条(五)与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。
从税法规定来看，并未提及在哪个科目核算的问题，并不是所有在原“营业税金及附加”科目核算的税金都是在“与转让房地产有关的税金”中扣除，只有在转让环节缴纳税金才在“与转让房地产有关的税金”里扣除。
所以，不论会计政策如何变更，不论印花税在哪一个会计科目核算和税法规定均没有关系，只要税法规定没有变化，纳税申报时就应该按照税法规定来办。故：房地产企业缴纳的印花税只有在转让环节（买房）缴纳的部分才能在“与转让房地产有关的税金”里扣除，其他环节缴纳的印花税等税金无论在哪个科目下核算，仍然是在“开发土地和新建房及配套设施的费用”里计算扣除而不能单独扣除。