应该挂靠客运公司，由客运公司与与交通局签署客运线路经营权协议。
客运线路经营权属公共资源，依条件申请后许可获得，按照客车等级划分许可期限，许可期限一般为四年，高一级客车增加一年的许可期限，高二级增加二年，高三级增加三年。如果你获得的许可是对个人的，许可决定书上就有经营许可年限的，如果是对公司许可的，你就只是承包经营人的身份，只能与公司签订承包经营合同，你说的能否与交通局签署客运线路经营权协议这个问题，相关的客运管理方面的法规里没有规定，国家客运法规规定是许可而不是协议，你去申请了交通部门应该依照规定作出许可或不予许可的决定，经营多少年在许可决定书上有的，依法不存在签署客运线路经营权协议这档事。
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