南京坐高铁,最好到上海站,下来坐1号线,到汶水路,换乘申崇一线(陈家镇)、申崇三线区间(堡镇)、申崇三线(南门),具体看你到崇明哪里了。如果到上海虹桥的话,就做二号线,到人民广场换一号线到汶水路,然后同上。如果到陈家镇或者长兴岛,可以二号线到上海科技馆换申崇二线(陈家镇)、申崇四线(长兴岛)
先高铁 再地铁
汽车最好,最快