如果自己编写的verilog模块和nios2有接口，则把自己编写的模块作为NIOS2的子模块加上去，如果无接口，则分别在顶层例化，具体操作要你自己研究一下，我有点忘了，大概第一个操作是在NIOS软核配置的那个界面下，那个配置界面有很多子选项卡作为配置的不同步骤，其中某个步骤左边的选择框中可以把自己写的模块作为源选上去，挂到avolons总线上。
一种方法就是SOPC Builder建好NIOS 2系统，verilog编写的数字逻辑封装成模块后，直接在quarter II里面建原理图，调用两部分模块，直接连起来就OK了。还有种方法就是将你的数字逻辑封装成IP挂到nios2 系统总线上去
建议直接把VERILOG 逻辑直接封装成IP 挂到AVALON 总线，
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