玻璃在结构上属于原子排列不规则的无定型结构,跟晶体相对,晶体是原子规则排列的定型结构。这个差别在于,玻璃是各向同性,就是说各个方向的物理化学性质在宏观上相同,因为其原子排列在微观上杂乱无章,导致了宏观上的统计结果的同性;而晶体是各向异性,不同方向性质不同。各向同性导致的结果之一是,光线在通过该物质的时候,总能有合适的通路可以使其通过(杂乱无章另一方面也说明了存在各种排列的情况,总有一种符合光通过的条件);而晶体则不同,仅有某个特定的方向可使光线通过,而且由于一般的物质都不是由单一的晶体组成,而是多晶体,这就使得可让光线通过的通路成为一条曲折的路线,于是直线传播的光线便不能通过。现实中的单晶体主要是宝石,因此宝石也有一定的透光性。但是不像玻璃那样。
一般的液体在结构上也是无定型的,因此像水也是透光的。事实上,玻璃的原子排布形式在晶体学上叫“玻璃态”,而玻璃态的物质同时也被成为“过冷液体”。我们知道,一般晶体物质在到达其凝固点时会结晶。这个结晶的过程实际上包括两步,一是原子不再可以随处运动,而是被固定在一定的位置上,二是原子的排布由不规则排列转变为规则排列。而玻璃态的物质在这时候只经历了第一个过程,而原子不规则的排列的状态则被“冷冻”了下来。玻璃和液体的原子排列方式实际上是一样的。
以上是对这个问题的一般的分析,实际的问题还要更复杂,因为以上的情况都是比较理想化的理论抽象,实际的情况得具体看物质内部的原子分布情况而定。就像物质不可能完全纯净一样,物质的结构也不可能完全单一。晶体内部也可能有玻璃态,玻璃态内部也有局部的晶态。