楼主可以使用碱性磷酸酶来做，但其实很多时候去磷酸化是根本不必要的。因为很多公司在合成引物的时候，在客户没有特殊要求的时候，引物的5‘端都是去磷酸化的，一般只有用户要求的时候，才会给合成磷酸化的5‘末端。所以PCR产物的5’端也是－OH而不是-P。如果楼主你不清楚引物是否是去磷酸化的，你可以打电话去问引物合成公司，从引物合成这里去去磷酸化比用碱性磷酸酶简单。
PCR产物不用去磷酸化，单酶切连接，才要去磷酸化
