1952年,福州动物园的前身——“西湖开化寺动物角”开办,当时仅有金钱野猪、豪猪和几只猴子。
1956年迁至大梦山麓(福州动物园旧址所在地)并扩建为动物园,福州动物园正式成立。建有猴山、天鹅湖及其他兽舍禽笼。
1966年饲养狮、虎、豹、孔雀、天鹅等达到60多种,800多只。
1981年增建了熊猫馆(后独立为“福州熊猫世界”)、大象厅、河马池、熊山、鹿苑、鸣禽馆等。
1995年,福州市已意识到位于大梦山麓的动物园场地窄小,功能滞后,开始考虑动物园的迁址问题。当时有关方面共提出了10多种新址的所在地备选方案。其中包括:金牛山公园、闽侯上街镇、仓山城门镇浚边、晋安新店镇等。
1998年,福州市园林局邀请了数十位的省内外的专家对10多个的动物园新址备选地点进行筛选。经筛选,当时专家们最后一致认为,仓山区城门镇浚边村比较适宜。1999年,因资金问题,福州动物园搬迁工作暂缓进行。
2006年11月,福州动物园搬迁工作重启,动物园新址最终选在福州新店镇(福州动物园今所在地),次月正式动工,2008年4月基本完工。
2008年5月4日,福州动物园旧址正式停止对外开放,动物搬迁工作开始进行,至5月底结束。
2008年6月1日,福州动物园新址第一次试开园。
2008年8月2日-9月22日,福州动物园新址第二次试开园(仅周末)。
2008年9月29日,福州动物园新址正式对外开放。