错位的原因首先要按搞清楚，是哪个数据的坐标系定义有问题，还是存在真实的错位，错位的话就要对其中一个数据进行配准，具体找本arcgis的书，里面都会有详细的说明
把两个图层的坐标系设置一样的，然后进行校正就可以了。
请说详细一点，你有可能没按相对路径保存，或者你坐标系设置的不对。。。
