细胞分类学是以染色体数目、形态、行为即核型为生物分类的特征，并进而研究核型进化和生物系统进化的分类学分支。
细胞分类学中应用最广泛的是常规核型分析，即比较分析物种、亚种、种群的染色体的数目、形态（相对长度和臂比），及其减数分裂行为。此外，随着减数分裂染色体的研究，也开始采用联会线复合体核型分析；其次是分带核型分析，并以银染核仁组织者(Ag-NOR)的数目和分布作为核型分析的参数。在分子细胞分类学中，除普遍使用遗传组大小分析，即以细胞分光光度计或流式细胞分光光度计测定细胞核中DNA含量外，还应用细胞核或线粒体DNA的限制性内切酶酶切图谱，单拷贝和重复DNA同源性和序列分析、染色体基因图比较等。
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