学生证上的出发站是南京站，但我想买出发站是南京南站的火车票，可以用学生证购买吗？

同一城市里，学生证都可以购买的。
比如，北京大兴区黄村镇附近有北京印刷学院，火车有黄村火车站，但北京印刷学院学生（比如家在上海），符合购买学生火车票的规定，就可以购买北京南-上海的高铁和动车，不是局限必须黄村-上海的列车。

哪些学生可以购买学生票？

购买学生票应同时符合以下条件：（1）在国家教育主管部门批准有学历教育资格的普通大、专院校（含民办大学、军事院校），中等专业学校、技工学校和中、小学就读，没有工资收入的学生、研究生。（2）家庭居住地（父母任一方居住地）和学校所在地不在同一城市。（3）大中专学生凭附有加盖院校公章的减价优待凭证和火车票电子优惠卡、并经学校注册的学生证，新生凭学校录取通知书，毕业生凭学校书面证明；小学生凭学校书面证明。（4）乘车区间限于家庭至院校（实习地点）之间。在学校与实习地点之间，不能购买学生票。（5）每年乘车次数限于四次单程。当年未使用的次数，不能留至下年使用。（6）学生因休学、复学、转学、退学时，不能购买学生票。学生票为半价座票、加快票、空调票。动车组列车只发售二等座车学生票，票价为公布票价的75%，当计算出的动车组学生票票价高于动车组折扣票价时，按动车组折扣票价执行。

这个没关系的，同一个城市内的不同火车站，这个学生证是可以通用的。

学生证有规定首末站的，学校有登记，你要改变除非去登记的地方更改信息

可以，宏观上某地的多个车站，可以算作一个车站