通过PCR方法如何连接两个基因

看你的要求。
1楼那位同学的回答没有问题，通过在引物上设计酶切位点，做酶切、连接即可以连接两端基因。
但如果你的这两段基因不好设计酶切位点，或者你不希望在这两段基因之间存在有其余的多余碱基，而且你又特别强调用PCR的方法去做连接，那么我推荐overlap-PCR。把A基因3'端的序列加到扩增B基因的上游引物5'端，把B基因5'端的序列加到扩增A基因的下游引物的3'端。分别扩增A、B两基因，这样A的3’端和B的5‘端就形成了互补。切胶回收这两个PCR产物，稀释并混合，以此为模板，以A基因的上游引物和B基因的下游引物为引物对，扩增。这样就可以得到AB拼接到一起的产物。
具体的引物设计要求你可以多去看看overlap-PCR的文献，这种方法很方便的。

只需要将两端基因的引物设计出来，然后P出来，连接即可，在设计引物的时候，必须将两个基因的某一段酶切位点设计成一致就可以。比如你要将AB两个片段连接起来，首先呢各自设计AB两个基因的引物，在给引物加酶切位点的时候需要使得A基因的右端的酶切位点和B基因左端的酶切位点一致（假设是A--B，反之亦然），这样等引物设计完成之后并合成回来之后，PCR出来之后，酶切，然后纯化，进行连接就可以了。。。。