铁路运输法院分设两级，即铁路管理局中级铁路运输法院和铁路管理分局基层铁路运输法院。中级铁路运输法院的审判活动受所在地高级人民法院监督。
铁路运输法院院长由所在地人大常委会主任提请本级人大常委会任免，副院长、庭长、副庭长、审判员由院长提请所在地人大常委会任免。
铁路法院内设刑事法庭、经济法庭和民事法庭。其管辖范围为：第一，发生在铁路运输线上的民事、刑事案件；第二，铁路局在编职工的民事、刑事案件；第三，与铁路运输部门有直接关系的经济纠纷案。
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