所谓的“第三层膜”应该指构成基粒的膜，从动态结构分析，不同于一般意义上的内膜和外膜。
楼主如果注意叶绿体的形成与分裂可以发现，形成基粒的膜完全来源于内膜的内折，从这点上说，类似于线粒体的嵴。而且与嵴的动态过程类似，基粒的结构和组成也是与代谢功能高度相关的。
但是，可以肯定的是，基粒形成之后，类囊体腔与叶绿体的基质是隔离的。从拓扑学上说，也可以视为独立的第三层膜。这种隔离在光合作用和代谢途径中都有极为重要的作用。楼主的问题就在这里。多注意膜蛋白，尤其是电子传递链在膜上的分布，注意代谢途径和膜的动态转化，楼主的问题自然迎刃而解。
另外，定位于类囊体内的蛋白需要一段单独的N端序列也间接证明类囊体腔与基质是分隔的。
当然，还取决于楼主对膜的定义。我认为，如果把膜定义为功能的组分，用膜蛋白来表征膜，那么说叶绿体有三层膜是完全正确的。
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